1992 - Eduardo Levy Jr. assume a presidência do museu. Problemas de capitalização decorrentes do Plano Collor impedem o MAM de realizar a edição do ano do Panorama de Arte Brasileira.

1993 - Inauguração do Jardim das Esculturas do MAM, idealizado em 1988. Localizado numa área de 6 mil metros quadrados do parque Ibirapuera, entre o MAM e a Bienal, o jardim abriga 25 esculturas de 21 artistas brasileiros, selecionadas por Maria Alice Milliet, então diretora técnica do museu.

Após o Panorama de Arte Brasileira de 1993, dedicada à pintura, os integrantes da comissão de arte do MAM decidem reformular o evento.
Transformam-no em exposição bienal, abolem as distinções entre as modalidades artísticas (os meios pictórico, fotográfico, escultórico ou objetual convivem na mesma mostra) e cada edição tem, a partir de agora, um curador para fazer a seleção de obras e artistas, tarefa até então atribuída à comissão de arte.

Reforma da reserva técnica do museu sinaliza preocupação sobre a manutenção do patrimônio e efetivo interesse na produção científica fundamentada a partir dele.

1995 - Milú Villela assume a presidência do MAM. A diretoria técnica fica com Cacilda Teixeira da Costa. A política de programação dá continuidade a mostras antológicas de artistas brasileiros e valoriza exposições internacionais de arte moderna e de artistas contemporâneos. Do quadro de atividades deste ano, destacam-se a retrospectiva do Grupo Santa Helena e a individual da fotógrafa norte-americana Cindy Scherman.

O Panorama da (e não mais “de”) Arte Brasileira volta em novo formato, sob a curadoria de Ivo Mesquita. São premiados os trabalhos de Alex Cerveny, Rochelle Costi, Carlos Fajardo, Eliane Prolik, José Resende e Paula Trope.

1996 - O prédio do MAM atravessa a terceira reforma desde 1968, desta vez para a execução de auditório previsto em projeto original de Lina Bo Bardi e para agregar novo espaço para o restaurante.

Criação do departamento Educativo do Museu de Arte Moderna, dividido em três áreas: serviço de monitoria, cursos e ateliê de arte.

O museu extingue o cargo de diretor técnico e o substitui pelo de curador-chefe. O objetivo é instituir a figura profissional do responsável pelos setores técnico e científico da instituição, a fim de enfatizar o estudo, conservação e ampliação do acervo. Tadeu Chiarelli assume o posto.

Neste ano, o MAM realiza retrospectivas de dois importantes nomes da arte moderna brasileira, Anita Malfatti e Cândido Portinari. Recebe também mostra do catalão Juan Miró, com curadoria de Irma Arestizábal, e a exposição “A vanguarda no Uruguai: Barradas e Torres-Garcia”, sob curadoria de Angel Kalenberg.

1997 - O curador Tadeu Chiarelli organiza a edição do ano do Panorama, em que são premiados os trabalhos de Vera Chaves Barcellos, Paulo Buennos, Mario Cravo Neto, Iran do Espírito Santo, Nazareth Pacheco, Paulo Pasta, Rosana Paulino, Paulo César Pereira, Edgard de Souza e Tunga.

Cria-se o Grupo de Estudos em Curadoria do Museu de Arte Moderna de São Paulo, formado por profissionais do MAM e jovens curadores paulistanos. Em reuniões periódicas, o grupo discute questões relativas à atividade de curadoria com base na coleção do MAM.

O museu apresenta as exposições “Alexander Rodchenko”, do fotógrafo e artista gráfico russo, com curadoria da Equipe Curatorial do Museu, “Robert Mapplethorpe”, do fotógrafo norte-americano, com curadoria de Germano Celant, e “Gary Hill”, do videoartista também norte-americano, sob curadoria de Marcelo Dantas. De arte brasileira, o MAM organiza mostras retrospectivas de Vicente do Rego Monteiro, de Carlos Zílio, de Anna Bella Geiger e de Iole de Freitas.

1998 - Integrantes do Grupo de Estudos em Curadoria do MAM (Margarida Sant’Anna, Rejane Cintrão, Felipe Chaimovich e Ricardo Resende) apresentam exposições concebidas a partir do acervo da instituição, na sala Paulo Figueiredo.

As mostras internacionais apresentadas no ano são “Uma seleção do Museu de Arte Moderna da cidade de Paris: de Picasso a Soulages”, com curadoria da equipe técnica da instituição parisiense, “Anselm Kiefer”, sob curadoria de Robert Littman, e “Coleção Costantini”, curada por Marcelo Pacheco.

 1999 - Realização do Panorama de Arte Brasileira de 1999, com curadoria de Tadeu Chiarelli. Participam 35 artistas, entre eles, Sérgio Sister, Daniel Acosta, Caetano de Almeida, Mônica Nador, Ricardo Basbaum, Edouard Fraipont e Amilcar Packer.

O museu inaugura o espaço MAM Higienópolis, no bairro homônimo da região central de São Paulo. O prédio, tombado pelo departamento municipal de Patrimônio Histórico, foi projetado por Ramos de Azevedo, no início do século passado.