2000 - Inauguração do espaço MAM Villa-Lobos, no shopping Villa-Lobos, zona oeste de São Paulo.

2001 - Ivo Mesquita substitui Tadeu Chiarelli, então no cargo de curador-chefe, e reinstitui o posto de diretor técnico, extinto desde 1995.

Realização do Panorama da Arte Brasileira, pela primeira vez organizado por três curadores, Paulo Reis, Ricardo Basbaum e Ricardo Resende. A mostra, acompanhada de livro e catálogo, privilegia a atuação de grupos de artistas e organizações independentes (Torreão, Agora/Capacete, APIC!, Clube da Lata, Alpendre, e Atrocidades Maravilhosas). O museu adquire para o acervo trabalhos de Rubens Mano, Eduardo Coimbra e Iran do Espírito Santo.

2002 - O posto de direção técnica é extinto. Institui-se uma Comissão Consultiva, formada por Maria Alice Milliet, Tadeu Chiarelli e Felipe Chaimovich que assumem a função e compõem o órgão em agosto. Segundo o estatuto do comitê, o trio de curadores fica responsável pelo aconselhamento e sugestões de obras a serem adquiridas ou doadas ao museu e para a escolha de mostras e projetos culturais a serem apresentados nos espaços do MAM.

2003 - O MAM exibe ao público a 28ª expoisição bienal Panorama da Arte Brasileira. A mostra segue para Vigo, Espanha.
O MAM também apresenta as exposições "Aproximações do Espírito Pop", com obras de Waldemar Cordeiro, Antonio Dias, Wesley Duke Lee e Nelson Leiner, e "O Retorno dos Gigantes", mosta de artistas contemporâneos alemães. 
 
2004 - O Museu apresenta o projeto "Escola com arte - Uma experiência nos fins de semana", que exebi de forma inédita a produção de estudantes, nas atividades do departamento Educativo do MAM.
A exposição de Hércules Barsotti ganha o prêmio da APCA na categorai melhor retrospectiva. 
 
2005 - O Museu apresenta a exposição "Andy Warhol: Motion Pictures", advinda do Museum of Modern Art de Nova York - MoMA. Andrés Martín Hernández assume a coordenação executiva do Departamento de Curadoria do MAM. 
 
2006 - O MAM recebe um importante comodato de mais de 300 obras contemporâneas, de Eduardo Brandão e Jean Fjeld.
Uma seleção do acervo de fotografias do MAM é exibida no Instituto Valenciano de Arte Moderno (IVAM), na Espanha, na exposição "Desidentidade".
Pela primeira vez em sua história, o Museu apresenta grande parte de seu acervo na exposição MAM[na] OCA: Arte Brasileria do Acervo do Museu de Arte Moderna de São Paulo. 
 
2007- A exposição "Vieira da Silva no Brasil" ganha o prêmio da APCA na categoria Retrospectiva do ano. Mais de 25.000 pessoas visitaram a mostra.
Outras importantes exposições marcaram o ano:
"A Fotografia na Coleção do IVAM", "Semear", de Rinko Kawauchi que abriu as comemorações do Centenário da Imigração Japonesa no Brasil e o "Panorama da Arte Brasileira 2007 - Contraditório".
A exposição "Alfredo Volpi: 20 ãnos de pintura" é exposta no museu de Arte Latinoamericano de Bueno Aires (MALBA). 
Felipe Chaimovich assume a curadoria do MAM. 

2008 - O Museu de Arte Moderna de São Paulo comemorou sessenta anos de fundação com a mostra MAM60 (de 16/10 a 14/12/08), dedicada à reflexão sobre os territórios e fronteiras entre o moderno e o contemporâneo. Os curadores Annateresa Fabris e Luiz Camillo Osorio foram convidados a se debruçar sobre a coleção do museu, hoje com 5 mil obras. Eles propuseram um percurso no prédio da Oca, organizado entre documentos e peças adquiridas em diversos momentos. Foram incluídas também obras pertencentes à primeira coleção do MAM, doada à Universidade de São Paulo em 1963, que completam o painel histórico sobre a entrada do moderno no primeiro museu paulista dedicado ao tema.